Вы запускаете cmake в каталоге, в который хотите встраивать, используя путь от каталога сборки до исходного каталога. Допустим, ваш родительский каталог называется project и содержит src и build:
cd build
cmake ../src
Это поместит make-файлы и объекты в сборку, оставляя файлы CMakeLists.txt в src. Единственный недостаток в том, что если в src уже есть CMakeCache.txt, вы должны удалить его перед запуском cmake.