По сути, вы не должны использовать функцию GROUP_CONCAT таким образом, это неправильный способ выполнения вашей работы.
В этом сценарии вы можете использовать подход с вложенными запросами вместо попыткис JOIN, как я указал ниже, попробуйте этот запрос, надеюсь, он должен работать правильно.
UPDATE customers AS c
SET c.orders =
(SELECT GROUP_CONCAT(DISTINCT o.orderid)
FROM orders AS o
WHERE o.customerid = c.customerid
GROUP BY o.customerid);
Попробуйте этот запрос один раз, а затем дайте мне знать, если у вас возникнут какие-либо проблемы.
Сива