Мне кажется, что единственный способ быть абсолютно уверенным - нацелиться на них обоих при тестировании. Я уверен, что у обеих БД есть пути развития, которые могут расходиться, и вы часто сталкиваетесь с перспективой использования некоторой специфичной для MySQL функции.
Это PITA, но чем дольше вы идете между тестами против обоих, тем больше у вас шансов получить фейерверк.