Я не думаю, что в этом случае вам нужно применить фильтр на основе дочерних элементов каждого элемента в упакованном наборе. Вы можете немного сократить фильтр до
// you don't necessarily need to assign to a variable,
// just depends what you want to do with it
var articalLink = $(".navArticals").filter(function() {
return $(this).children().not(":animated");
});
функция фильтра - это предикат (выражение, которое оценивается как true или false), чтобы отфильтровать те элементы в упакованном наборе, чьи дочерние объекты анимированы.