Возможно, в вашем файле build.gradle есть ссылка на плагин Gradle Eclipse? Это будет единственной причиной, по которой эти файлы будут генерироваться, даже если вы перестанете использовать Eclipse. Если это так, сравните вашу сборку Gradle с предыдущей версией или просто удалите Eclipse plugins .
Если вы все еще используете Eclipse или какую-либо IDE на основе Eclipse, эти файлы будут генерироваться, и я бы не рекомендовал их удалять. Как было предложено ранее, вы можете не допустить их попадания в вашу систему контроля версий. Если вы используете Git, вы можете добавить следующее в ваш файл .gitignore, чтобы игнорировать эти файлы.
.project
.settings