Один из способов решить вашу проблему - это Maximize окно редактора во время сравнения файлов, а затем Restore после сравнения. Я бы хотел, чтобы Eclipse сделал это по умолчанию.
Что касается вопроса об ориентации. Я думаю, что это более читабельно, когда вы сравниваете ревизии бок о бок. Вероятно, поэтому авторы Eclipse не дали нам возможность горизонтальной компоновки. Они могли дать нам строку diff в текущей позиции курсора.