Да, вы можете. Вы должны определить сервер на вкладке «Службы» NetBeans и указать в настройках проекта, что вы хотите запустить на этом сервере. Доступ к настройкам проекта можно получить, щелкнув правой кнопкой мыши по проекту в панели проекта, свойства. Целевой сервер находится в ветке «Выполнить» дерева настроек.