Вам нужно очистить интервал, если он уже запущен при следующем щелчке, иначе он будет выполнен после вашей функции показа и приведет к ложному выводу, что интервал становится короче.
Также кажется, что вам не нужен setInterval, но setTimeout, так как вам нужно скрыть цифры только один раз после их показа
let timer = null;
$('button').on('click', function(){
if(timer) {
clearTimeout(timer);
}
$('#mark').show();
timer = setTimeout(function(){$('#mark').hide();}, 900);
});
.mark{
display:none;
font-size:3rem;
color:lightseagreen;
}
<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery/3.3.1/jquery.min.js"></script>
<button>CLICK</button>
<div class='mark' id='mark'>000</div>