Настройте цвет шкалы в pheatmap - PullRequest
0 голосов
/ 14 июня 2019

У меня есть data.frame со следующими характеристиками:

   min: -4.76695                        
   max: 13.01822                      
   median: 1.494936               
   mean:  2.272149       
   dim(mydf):  nrows(51),  ncols(24)        

после плотности (mydf)

       x                y            
    Min.   :-7.338   Min.   :1.443e-05  
    1st Qu.:-1.606   1st Qu.:1.123e-02  
    Median : 4.126   Median :3.489e-02  
    Mean   : 4.126   Mean   :4.357e-02  
    3rd Qu.: 9.858   3rd Qu.:7.283e-02  
    Max.   :15.590   Max.   :1.131e-01  

Iхотел бы построить карту тепла с pheatmap.Я попытался установить разрывы для цветов таким образом, чтобы шкала была центрирована на 0, но безуспешно:

quantile_breaks <- function(xs, n = 300) {
   breaks <- quantile(xs, probs = seq(0, 1, length.out = n))
  breaks[!duplicated(breaks)]}

breaks <- quantile_breaks (mydf, n = 11)</p>

Может кто-нибудь помочь мне, пожалуйста?Исходная шкала выглядит следующим образом:

enter image description here

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...