Вы можете использовать пакет lubridate. Пакет dplyr предназначен только для упрощения манипулирования данными.
library(lubridate)
library(dplyr)
# 1 milisecond = 0.001 second
mili_sec <- 0.001
x <- c('a','b')
y <- c(256733,249800)
z <- data.frame(x,y)
z <- z %>%
dplyr::mutate(y = y*mili_sec,
y = lubridate::seconds_to_period(y),
y = lubridate::parse_date_time(y, "%M %S"),
H = base::format(y,"%M"),
S = base::format(y,"%S"))
z
> z
x y H S
1 a 0000-01-01 00:04:17 04 17
2 b 0000-01-01 00:04:10 04 10
endM <- sum(as.numeric(z$H))
endS <- sum(as.numeric(z$S))
base::format(lubridate::parse_date_time(paste(endM, endS), "%M %S"), "%M:%S")
[1] "08:27"