Простой тест на уклон для объекта merMod с взаимодействиями пакетов R (jtools) - PullRequest
1 голос
/ 01 июня 2019

Я пытаюсь провести простой анализ уклонов для модели смешанных эффектов, полученной с помощью lmer.

Модель похожа на следующую:

data(Orthodont,package="nlme")
mod <- lme4::lmer(distance ~ age*Sex + (1|Subject), data=Orthodont)

При попыткепроведя простой анализ уклонов с помощью функции sim_slopes в пакете interactions, получаю следующее сообщение об ошибке.

interactions::sim_slopes(model=mod, pred=age, modx=Sex)

Ошибка: один из запрошенных столбцов не существует.
Backtrace:
1. взаимодействия :: sim_slopes (модель = мод, pred = возраст, modx = пол)
5. jtools ::: summ.merMod (...)
6. jtools ::: create_table (...)
Дополнительно: предупреждающее сообщение:
Интервалы Джонсона-Неймана недоступны для факторных модераторов.

Есть ли у кого-нибудь мысли о том, в чем может быть проблема?

Обратите внимание, что он хорошо работает с пакетом reghelper, но мне нужно pзначения для этих тестов, которые reghelper не предоставляет.

reghelper::simple_slopes(mod)

Выход sessionInfo():

R версия 3.6.0 (2019-04-26) Платформа: x86_64-pc-linux-gnu (64-разрядная версия) Работает под: Ubuntu 18.04.2 LTS

Продукты матрицы: по умолчанию BLAS:
/ usr / lib / x86_64-linux-gnu / blas/libblas.so.3.7.1 LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1

языковой стандарт: [1] LC_CTYPE = en_CA.UTF-8 LC_NUMERIC =C
LC_TIME = en_CA.UTF-8 [4] LC_COLLATE = en_CA.UTF-8
LC_MONETARY = en_CA.UTF-8 LC_MESSAGES = en_CA.UTF-8 [7] LC_PAPER = en_CA.UTF-8 LC_NAME =C LC_ADDRESS = C
[10] LC_TELEPHONE = C LC_MEASUREMENT = en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION = C

присоединенные базовые пакеты: [1] статистика графики grDevices использует
база данных наборы методов

загружено через пространство имен (и не подключено):
[1] Rcpp_1.0.1 magrittr_1.5 splines_3.6.0 MASS_7.3-51.1
[5] munsell_0.5.0 colorspace_1.4-1 lattice_0.20-38 rlang_0.3.4
[9] minqa_1.2.4 plyr_1.8.4 tools_3.6.0 grid_3.6.0
[13] gtable_0.3.0 nlme_3.1-140 cli_1.1.0 assertthat_0.2.1
[17] digest_0.6.19 lme4_1.1-21 lazyeval_0.2.2 tibble_2.1.2
[21]crayon_1.3.4 Matrix_1.2-17 reghelper_0.3.4 nloptr_1.2.1

[25] ggplot2_3.1.1 взаимодействия_1.1.0 jtools_2.0.1 pander_0.6.3
[29] compiler_3.6.0 pillar_1.4.1 scale_1.0.0boot_1.3-20
[33] pkgconfig_2.0.2

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 27 июня 2019

Я решил проблему, отсоединив lmerTest.

0 голосов
/ 01 июня 2019

(Не ответ, но слишком длинный для комментария. При необходимости удаляю позже.)

В чистом сеансе R это работает для меня:

data(Orthodont,package="nlme")
mod <- lme4::lmer(distance ~ age*Sex + (1|Subject), data=Orthodont)
interactions::sim_slopes(model=mod, pred=age, modx=Sex)
sessionInfo()

АНАЛИЗ ПРОСТОГО НАКЛОНА
Наклон возраста, когда Пол = Женский:
Есть.SE t val.p
------ ------ -------- ------
0,48 0,09 5,13 0,00
Отклонение возраста, когда пол = мужчина:
Стандартное восточное время.SE t val.p
------ ------ -------- ------
0,78 0,08 10,12 0,00
Предупреждение: интервалы Джонсона-Неймана недоступныдля факторных модераторов.

Вот мой sessionInfo(): важные вещи выглядят так же, как ваши (lme4 1.1-21, interactions 1.1.0, jtools 2.0.1), но это, безусловно,не идентичны ... ??

R Under development (unstable) (2019-05-21 r76566)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.6 LTS

[matrix product and locale info deleted]   

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.1         magrittr_1.5       splines_3.7.0      MASS_7.3-51.4     
 [5] tidyselect_0.2.5   munsell_0.5.0      colorspace_1.4-1   lattice_0.20-38   
 [9] R6_2.4.0           rlang_0.3.4        minqa_1.2.4        plyr_1.8.4        
[13] dplyr_0.8.1        tools_3.7.0        grid_3.7.0         gtable_0.3.0      
[17] nlme_3.1-140       cli_1.1.0          digest_0.6.19      assertthat_0.2.1  
[21] lme4_1.1-21        lazyeval_0.2.2     tibble_2.1.2       numDeriv_2016.8-1 
[25] crayon_1.3.4       Matrix_1.2-17      purrr_0.3.2        nloptr_1.2.1      
[29] ggplot2_3.1.1      jtools_2.0.1       interactions_1.1.0 glue_1.3.1        
[33] pander_0.6.3       compiler_3.7.0     pillar_1.4.1       scales_1.0.0      
[37] lmerTest_3.1-0     boot_1.3-22        pkgconfig_2.0.2   
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...