Нет, вы не можете связать тег с папками внутри репозитория git
Это потому, что каждый тег связан с конкретным коммитом.
Таким образом, каждый коммит относится ко всему хранилищу, которое включает обе папки.
Если каждая из ваших папок не связана друг с другом, да, у вас обязательно должно быть два отдельных хранилища.
Давайте представим эту временную шкалу:
* 4bde21c 5m ago, Fix spelling (master)
* 4bde21c 10h ago, Fix foo (v1.0-foo)
* 7cdeba1 3 days ago, Fix bar (v1.0-bar)
* 3cd4aa1 10 days ago, Create bar
* 21a57d2 1 month ago, Create foo
Теги v1.0-foo
и v1.0-bar
являются просто ссылками на коммиты:
v1.0-foo -> 4bde21c
v1.0-bar -> 7cdeba1
Итак, как бы вы оценили версию репозитория bar
в теге v1.0-foo
?