Если вы используете таблицы innodb, я рекомендую настроить размер пула буферов, как описано выше в S.Lott. Сделайте это на 110% или более от размера вашей базы данных, если у вас есть оперативная память.
Если ваша база данных> 50 МБ, вы также захотите увеличить innodb_log_file_size. См. http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/innodb-parameters.html#sysvar_innodb_log_file_size Возможно, примерно до 25 - 50% размера вашего буферного пула, но не более 1 ГБ.
Innodb_log_file_size немного сложно настроить. Вам необходимо закрыть базу данных, переместить текущие файлы журналов в папку резервной копии и позволить mysql воссоздать их при перезапуске (то есть после того, как вы изменили значения в my.cnf). Google, и вы найдете ответы.