Если вы хотите изменить порядок столбцов в последовательном порядке, предполагая, что все CSV-файлы имеют одинаковые имена столбцов, но в другом порядке, вы можете отсортировать один из списков имен столбцов, а затем упорядочить другие по этому списку.Используя ваш пример:
csv_files = glob.glob('*.csv')
sorted_columns = []
for e,x in enumerate(csv_files):
df = pd.read_csv(x,delimiter=";")
if e==0:
sorted_columns = sorted(df.columns.values.tolist())
df[sorted_columns].to_csv(x, sep=";")