Анализ генов дифференциальной экспрессии: как провести тестирование на матрице экспрессии с различными клиническими матрицами групп?

Question

Я начинаю свою кандидатскую диссертацию по анализу транскриптома (анализ affymetrix).

У меня есть матрица экспрессии (trans_data: 32000 генов x 620 образцов) и клиническая матрица (clin_data: 620 образцов x 42 клинических характеристик)).Образцы принадлежат 1 из 4 популяций ABCD.Я хотел бы провести сравнение экспрессии генов между популяциями A и B, не пытаясь связать две матрицы.

Я хотел бы выбрать матрицу со средней экспрессией каждого гена в двух популяциях, затем pvalue, затем скорректировал значение p.

Тогда я мог выбрать только дифференциально выраженные гены (padj <0,05). </p>

спасибо за вашу помощь.Alain

Answer 1

Не могу ответить на ваш вопрос напрямую, без четкого воспроизводимого примера , но вы можете попробовать довольно превосходный настольный пакет