Отправьте событие ipc в основной процесс с помощью функции ipcRenderer.send ()
const electron = require('electron')
const path = require('path')
const remote = electron.remote
const ipcRenderer = require('electron').ipcRenderer;
const closeBtn = document.getElementById('closeBtn')
closeBtn.addEventListener('click', function (event) {
ipcRenderer.send('close-window');
})
в основном процессе, перехватите событие закрытия и закройте необходимое окно
const ipcMain = require('electron').ipcMain;
ipcMain.on('close-window',()=>{
//if mainWindow is the window object
mainWindow.close();
})