Я полагаю, что вы имеете в виду этот код , и упомянутое вами "выравнивание" выполняется строками 51-52:
if isinstance(obj, db.GqlQuery):
return list(obj)
в то время как остальная часть кода подходит для ваших целей. Итак, как бы вы хотели представить GQL-запрос, если вы не представляете, какой массив JS (список Python) содержит в нем объекты? Не ясно, кроме группы сущностей (которую вы полностью восстанавливаете), что дает ей иерархию; это проблема "родителя"?
Во всяком случае, после прояснения лучше всего скопировать и отредактировать этот файл в свой собственный код (он не предназначен для того, чтобы позволить вам переопределить только этот фрагмент).