Предупреждение о сходимости при использовании модели со смешанным эффектом - PullRequest
1 голос
/ 23 апреля 2019

Я проводил полевые наблюдения, где подсчитывал количество птиц на участке, я повторял наблюдение 4 раза в разные месяцы.Цель этого состоит в том, чтобы увидеть, влияет ли землепользование на количество наблюдаемых птиц.

Моя формула: bird.count ~ lu + (1 | plot)

bird.count данные подсчета с большим количеством нулевых наблюдений и средним значением count = 2 с дисперсией = 5.9, luэто фактор с шестью уровнями, а сюжет является фактором с 36 уровнями, где я проводил повторные наблюдения.Всего у меня 144 наблюдения.

На основании всего этого я выполнил отрицательную биномиальную регрессию со смешанным эффектом, но получил предупреждения о невозможности сближения, и Std.Error коэффициентов очень высоки и одинаковы.

Затем я попытался усреднить количество птиц на каждом участке, а затем провел 36 наблюдений.Я сделал это, чтобы мне не пришлось использовать модель со смешанным эффектом.Я запустил glm, предполагая распределение по Гауссу, но Std.Error коэффициентов очень высоки и одинаковы.

То, что я пробовал,

fit.x10 <- glmer.nb (bird.count ~ 1 + (1|plot) , data= birds.data)  
There were 13 warnings (use warnings() to see them)

fit.x11 <- glmer.nb (bird.count ~ lu + (1|plot), data= birds.data)  
There were 32 warnings (use warnings() to see them)

Это не дало никаких предупреждений

fit.y10 <- glmmTMB(
  bird.count ~ (1|plot), data= birds.data, 
  family = nbinom2, ziformula = ~0, se = TRUE, 
  verbose = FALSE, doFit = TRUE
)

Это не дало никаких предупреждений, но Std.Error для перехвата и коэффициентов высоки иодинаковых значений.Для графика случайных эффектов var = 0.1946 и std = 0.4412

fit.y11 <- glmmTMB(
  bird.count ~ lu+  (1|plot), data= birds.data, 
  family = nbinom2, ziformula = ~0, se = TRUE, 
  verbose = FALSE, doFit = TRUE
)

Это не дало никаких предупреждений, но Std.Error для пересечения и коэффициентов высокие и имеют одинаковые значения

fit.z11 <- glm (bird.count ~ lu , data= birds.data.avg, family = gaussian)  

Любой совет, как диагностировать проблему или я что-то не так делаю?

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...