Где должен находиться кластер alertmanager - можно ли его охватить несколькими DC?
Да
Как продолжить получать сигналы тревоги, даже если связь между DC отключена?
До тех пор, пока Прометей сможет добраться хотя бы до одного менеджера оповещений, который может добраться до того, что отправляет ваши уведомления (например, Pagerduty), вы будете получать уведомления.