Когда вы запускаете сравнение файлов в диалоговом окне «Выбор файлов или папок», после выбора левого и правого файлов нажмите «Выбрать» рядом с полем «Фильтр».
В диалоговом окне «Фильтры» перейдите на вкладку «Линейные фильтры», создайте следующий линейный фильтр (добавьте)
^ // игнорировать
Включите линейные фильтры, которые вы хотите использовать, и проведите сравнение.
Веселись!