Если файл уже отслежен git, вы должны удалить его из индекса git
git rm --cached data/test/audit/portfolio-tnc/TEST-2019-04-22T03-20-31.json
Это не удалит файл, но git больше его не отследит.
Youможно распаковать весь каталог с помощью
git rm -r --cached data/test/audit