В зависимости от того, сколько у вас подпапок, вам может быть проще скопировать все имеющиеся у вас файлы PDF в один каталог, а затем переименовать их с помощью цикла:
# Directory containing all files
parent.folder<-"C:/Users/Sam/Big Doc Classification/RAW DATA"
# Return a list of the existing PDF names in parent.folder:
list_of_files <- list.files(parent.folder,
pattern = "*.pdf", full.names = TRUE)
# Rename all files
for(i in 1:length(list_of_files)){
file.rename(list_of_files[i], paste0("FS", i, ".pdf"))
}