Отличного способа представить этот запрос пока нет (по состоянию на 1.1.2) - если вы спросите в списке или подадите запрос на добавление функции, мы можем попытаться что-то приготовить.
На данный момент лучше всего использовать $ in в запросе для выполнения половины работы:
db.test.find({keys: {$in: Keys1}})
Вы можете сделать это в комбинации с $ where, который может выполнять часть Keys2 (но не будет использовать индекс - поэтому лучше использовать как можно больше с обычным синтаксисом запроса). Это будет выглядеть примерно так:
db.test.find({keys: {$in: Keys1}, $where: "for (i in this.keys) { for (j in Keys2) { if (this.keys[i] == Keys2[j]) return true;}} return false;"})
В последних версиях mongodb 2.6+ вы можете сделать это с помощью $ и оператора.
db.test.find({$and:[{keys: {$in: Keys1}},{keys: {$in: Keys2}}]})