Имея эти 2 команды с помощью stdout Pipe
kompose convert -f ./kube/deploy/app-all.yml --stdout | kubectl apply -f -
Как выполнить его с помощью командной строки gradle, очевидно, что это не будет работать
commandLine('kompose', "-f", details.file.path, "--stdout", "|",
"kubectl", "apply", "-f", "-")