Вы можете указать строку подключения для аутентификации в базе данных, к которой может получить доступ все приложение.
Таким образом, если у вас есть база данных по умолчанию, которую создает .NET, вы можете указать для этого и другое приложение для аутентификации.
Если вы используете мастер публикации баз данных от MS, вы можете взять созданную базу данных и скопировать ее в любую базу данных SQL, а затем указать каждому поставщику членства в приложениях на эту базу данных.
Надеюсь, это поможет.