Да, вы можете.Но если вам нужна такая структура, лучше использовать расширенный шаблон Yii2.Или, если вы хотите, вы можете использовать также стартовый комплект по trntv здесь ссылка .Он имеет множество функций, которые облегчат вашу разработку.
Что если вы хотите использовать его как модуль, вам нужен базовый шаблон, но у вас не будет отдельных веб-папок.Просто используйте Gii для создания модуля.Инструкции по работе и созданию модулей приведены здесь .