Вот где управление версиями приходит к картинке.
Если вы отметили флажок «Удалить содержимое на диске», когда случайно удалили пакет, то я почти уверен, что вы не сможете его восстановить.
Ситуация довольно неудачная. Это может быть предотвращено в будущем VCS.