Возможно, у вас неправильная кодировка консоли в конфигурации запуска. Вы можете изменить его в Run -> Run Configurations ... на вкладке Common (см. Скриншот). Кодировка по умолчанию берется либо из свойств проекта, либо из параметра рабочего места в «Предпочтения» -> «Общие» -> «Рабочая область».