Кажется, это было ограничение алгоритма инвертирования с самого начала панели. Отключение Invert Call Tree в настройках профилировщика показывает образцы и собственное время / стоимость правильно.
В работе есть новый профилировщик, который имеет гораздо более продвинутое дерево вызовов.
Его можно установить отсюда: http://profiler.firefox.com/
Спасибо Харальду Киршнеру и Жюльену Вайсбергу за помощь!