Вы, вероятно, не должны проходить по ссылке в первую очередь. Это обычно считается плохой практикой, потому что трудно увидеть, где изменяется состояние.
Это очень распространенное заблуждение, что ссылки быстрее. Это не так - на самом деле, они немного медленнее, но это настолько мало, что это действительно не имеет значения. В PHP есть система, называемая copy-on-write, что означает, что переменные на самом деле не копируются перед тем, как вы в них пишете.
Единственное место, где вам действительно нужны ссылки, было в PHP4, где объекты были бы клонированы в противном случае. Это не нужно в PHP5.