Вы можете использовать ffmpeg для одновременного создания обоих файлов.
ffmpeg -i img%d.png -filter_complex "alphaextract[a]" \
-map 0:v -pix_fmt yuv420p -c:v libvpx -b:v 0 -crf 20 color.webm \
-map "[a]" -pix_fmt yuv420p -c:v libvpx -b:v 0 -crf 20 alpha.webm
В зависимости от вашей оболочки, вам может потребоваться заключить аргумент карты в одинарные кавычки.