Если для пути не требуется экранировать символы, вам не нужны кавычки вокруг него.
invoke-command -ComputerName $hostname -scriptblock { start cmd.exe "/c E:\Path\To\Script\script.bat" }
Если вам нужно убежать, вы можете избежать двойных кавычек с помощью обратного кавычки:
invoke-command -ComputerName $hostname -scriptblock { start cmd.exe "/c `"E:\Path\To\Script\script.bat`"" }