Документация предполагает, что вы должны получить содержимое счета-фактуры и снова выставить счет-фактуру, удалив элемент lineitem. Подразумевается, что другие строки должны иметь свои поля LineItemID, чтобы Xero «знал», что они уже существуют.
"Отсутствие существующего LineItem с его LineItemID приведет к удалению этой позиции."
Я прочитал, что как вы сказали бы, что вы повторно отправите счет-фактуру со всеми другими присутствующими элементами строки, с их LineItemID, и это заставит удалить недостающие строки.