Документация по Apache Commons Net (которую вы сами связываете в вопросе) покрывает это.
В 99% случаев вы хотите использовать FTPClient.enterLocal*Mode
.Это для клиента к / с сервера передачи.
FTPClient.enterRemote*Mode
только для сервера к / с сервера передачи (он же FXP ),То, что большинство FTP-серверов не разрешают в любом случае.