После долгих проб и ошибок и прочтения о других внешних инструментах мне удалось настроить Pweave для работы с Pycharm Professional 2018.2 в Windows следующим образом:
Сначала установите библиотеку Pweave, используя conda или pip (я использовал conda в виртуальной среде):
conda install pweave -c conda-forge
Затем внутри PyCharm: File -> Settings -> Tools -> External Tools
добавьте новый инструмент, я использовал следующую конфигурацию:
В разделе «Программа» я указал относительный путь к исполняемому файлу Pweave, а в разделе «Аргументы» - полный путь к файлу, используя доступные макросы $PyInterpreterDirectory$
и $FilePath$
Для запуска инструмента : щелкните правой кнопкой мыши по нужному сценарию и выберите Pweave из «Внешних инструментов»