Вы можете объединять команды с помощью |
. Итак
:w | ! python3 %
сохранит буфер и запустит его с python3.
См. :help :bar
и :help c_%
для получения дополнительной информации.
Вы можете создать команду для этого как:
:command PyRun execute 'w <bar> ! python3 %'
Обратите внимание, что пользовательские команды в vim должны начинаться с заглавной буквы.