Как рассчитать площадь под кривой для нескольких объектов geom_line - PullRequest
Новая
       40

Как рассчитать площадь под кривой для нескольких объектов geom_line

2 голосов
/ 15 июня 2019

У меня есть большая серия данных о временных курсах с различными обработками, и я хочу вычислить площадь под кривой для каждой отображаемой переменной.

Мне удалось построить данные в ggplot после агрегирования данныхчтобы получить средства / stdev / sem для каждого конкретного условия в каждый момент времени.Я пытался использовать plotROC для вычисления auc, но я думаю, что мой код или структура моих данных не позволяют мне вычислить это, так как я продолжаю получать сообщения об ошибках. 

ggplot(data=df, aes(x=Time, y=Mean, colour=IR, group=as.numeric(IR))) +
  geom_line(size=1) + geom_point(size=2) +
  geom_errorbar(aes(ymin= Mean-SEM, ymax= Mean+SEM)) +
  theme_classic() +
  xlab("Time post IR (hours)") +
  scale_x_discrete(expand=c(0,0), breaks = c(0, 24, 48, 72)) +
  scale_colour_manual(name="Dose",
                      values=c("blue", "red"))

enter image description here

Когда я добавляю geom_roc() к коду, я получаю это сообщение: 

Error in if (slev[2] == 0 & slev[2] == 1) return(D) : missing value
where TRUE/FALSE needed

Я довольно новичок в этом типе анализа, поэтому был бы признателенлюбая помощь / совет по использованию ggplot для этого.В идеале я хотел бы иметь возможность рассчитать значения AUC для обеих линий и вставить рассчитанные значения aucs в сами графики.Заранее спасибо!

...