После нескольких часов поиска я нашел решение сразу после публикации вопроса, покопавшись в коммитах Istio.
Я оставлю свои выводы в качестве справки, может быть, кто-то может сэкономить время таким образом.
Настройка селектора узла по умолчанию работает, по крайней мере для меня, путем разделения ключа точками и экранирования дополнительных с помощью \ (если в метке интереса есть точки)
--set global.defaultNodeSelector.cloud\\.google\\.com/gke-nodepool=istio-pool
Чтобы создать defaultNodeSelector для пула узлов, помеченных
cloud.google.com/gke-nodepool: istio-pool
Мне не удалось добавить несколько значений, так что нотация {} для добавления списков в Helm, похоже, не соблюдается.