Для большого количества объектов я бы подумал сделать это с Amazon S3 Batch Operations . Вы можете написать простую лямбда-функцию, используя boto3, чтобы получить объект из S3, обновить содержимое и поместить объект обратно в S3. S3 Batch будет организовывать вызов лямбды для каждого объекта.
Для небольшого количества объектов это может быть излишним, и вы можете просто использовать boto3, чтобы перечислить объекты, получить их один за другим, изменить каждый и вернуть обратно.