Ошибка с модулем импорта jnius при использовании imagej в python - PullRequest
1 голос
/ 17 марта 2019

Я пытаюсь подключить безголовую библиотеку imageJ к моему приложению python.К сожалению, список ошибок зависимостей бесконечен, и я застрял в ошибке импорта, связанной с импортом java-оболочки, называемой jnius.

На данный момент я установил модули wheel, imagej, cython, imglyb, pyjnius с использованием обновленного пункта.Поскольку между ними возникла ошибка «Невозможно определить JDK_HOME», я следовал очевидным правилам обновления списка переменных среды для моих путей (как пользователя, так и системы).В промежутке pyjnius сообщил о "Microsoft Visual C++ 14.0 is required. Get it with "Microsoft Visual C++ Build Tools", и я установил то же самое (огромные 5,63 ГБ) и дополнительно «VCForPython27».

import os
print(os.environ.get('JAVA_HOME'))
print(os.environ.get('JDK_HOME'))

обе команды дают мне следующий вывод:

C:\Program Files\Java\jdk-11.0.2; C:\Program Files\Java\jdk-11.0.2\bin;C:\Program Files\Java\jdk-11.0.2\bin\server

Теперь я могу импортировать imageJ в своем коде, но когда я пытаюсь использовать его первую функцию

ij = imagej.init('C:\\Users\\Documents\\ImageJ_Fiji\ImageJ-win64.exe')

, я получаю следующую ошибку, связанную с import scyjava как: "Unable to import scyjava dependency jnius." и когда я пытаюсьзапустите pip install jnius --user Я получаю ту же старую ошибку: «Невозможно определить JDK_HOME», которая кажется сбивающей с толку, поскольку я успешно установил pyjnius, а pip install scyjava --user дает мне вывод, что все требования удовлетворены.

Я больше не использую среду conda (поскольку она меня очень смущает), моя версия на python 3.7.2 и моя ОС - windows 10. Я использую редактор PyCharm.Я установил последнюю версию JDK и JRE с веб-сайта oracle.

Ссылка: Ошибка установки Jnius, "Невозможно определить JDK_HOME" jnius 1.1 Ошибка импорта

1 Ответ

1 голос
/ 17 марта 2019

Установка pyimagej обсуждалась на форуме image.sc, например, в этой теме .

Кроме того, в настоящее время есть несколько открытых вопросов / PR в scyjava ( # 5 и # 7 ) и pyimagej ( # 21 ).

Насколько я понимаю, рекомендуемый способ установки imagej в Python использует conda, так как активация окружения с помощью conda activate imagej установит необходимые переменные окружения для зависимостей.

Для дальнейших вопросов, я рекомендую задавать вопросы на форуме image.sc .

...