Помимо того, что это звучит скорее как общий вопрос об архитектуре бизнес-процессов, давайте пройдемся по нему:
Мне нужно ежедневно получать данные.
Это нормально и для чего широко используется MS Flow. Вы можете перечислять элементы / папки, создавать новые или удалять их и получать содержимое файла.
Думал реализовать его как планировщик Microsoft Flow
Звучит как триггер Reccurence, который запускает событие через регулярные, настраиваемые интервалы времени.
с использованием действия HTTP REST API
Действительно, действие HTTP позволяет вам вызывать REST API. С другой стороны, триггер When a HTTP request is received позволяет запускать поток из другого потока / приложения.