определение порога для анализа последовательности - PullRequest
0 голосов
/ 05 марта 2019

Я написал функцию в Pyhton 3.7 для проверки подобия в последовательности, но я должен определить порог, и порог изменяется в зависимости от длины запроса.Я хотел бы определить порог между 0-1 или%, но не смог этого сделать.Это код, который я написал,

def ctrlF(subject:str, query:str, treshold=9):
    for i in range(0, len(subject)-len(query)):
        s1 = subject[i:i+len(query)]
        score = 0
        consensus = ''
        for j in range(0, len(query)):
            if s1[j] == query[j]:
                score = score + 1
                consensus = consensus + '.'
            else:
                consensus = consensus + s1[j]
        if score >= treshold:
            print('{0}\t{1}\t{2}'.format(i, consensus, score))

поэтому в основном я уже определил Treshold 9, но я хочу, чтобы изменить его

1005 * s Q = 'TGATGGCAGGGTTCATGGGATTGGAGGGTCCTGACGAAGTCACAAAGCTGTCTGTGTAGCCCGAGAAACCATGCCGGCAGTAGGCCGAGCCGCTTTCAGGGGCTGAGTTCAGGCTGCTCTGGTGGGCCGAGGTGGGAGGCAGAGGCTGGGGCCGATGCACTGTACTGCTTTGCTCAGACACTGTTTGTGATATGGACGTTGGTGGGTACGGGCTGTCTGACAGTTGATATGGCTGAAGTGTGGGCATTGCTGATGGTGGAAACCCCCCTGGGATCAGGTGGTTAAAAGCCATCAGCTGATTGGCTCCTGCTTGTTTCCTCCATCTTGCTCTTCTGTTACTAAACCAGACCTGAACGCGAGCCTCTGTGAGTTTGGCTCTCTGCGCCAGCTCTTCTCGTGTGTAGATGTCAGGGTAGTGTGTCCTCTCAAAGGCTCTCTCAAGTTCCTCCAGTTGTTCTGCGGTGAAAGTGGTGCGGCTGCGGCGTTGTTT' = 'ATGGGATTGGAGGGT' * 1006.*

это мой предмет и запрос.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...