Java SOAP API, как правило, предполагают соответствие спецификациям службы, с которой они общаются, и поэтому такие вещи, как детальное управление префиксами, не раскрываются через API, поскольку не должно быть причин для беспокойства.
В предыдущих случаях, подобных этому, мне часто приходилось прибегать к ручному построению объекта SOAP DOM, что ужасно болезненно.
Совсем недавно мне посчастливилось получить Spring WebServices , чтобы производить именно то, что мне нужно. Он абстрагирует API-интерфейс SAAJ, в то же время, предоставляя хуки для DOM на уровне XML. Я предлагаю попробовать и посмотреть, что вы можете придумать.