Если у вас есть 2 segues, то вам нужно различать их с идентификатором
override func prepare(for segue: UIStoryboardSegue, sender: Any?) {
if segue.identifer == "toPopUp" {
if let yourVC = segue.destination as? YourPopController {
// set data
}
}
else {
if let yourVC = segue.destination as? RegisterViewController {
// set data
}
}
}