Если для редактирования файла требуется права администратора, ваше приложение должно быть запущено с правами администратора для его редактирования. Если для файла заданы повышенные привилегии, бессмысленно разрешать редактировать файл непривилегированному приложению. Насколько я знаю, нет способа включить безопасность в сервисе через код.
Я также использую этот файл для обеспечения безопасности. Что я делаю, так это редактирую его во время процесса установки с помощью InstallShield. Это может быть лучшим вариантом для вас. Конечно, как всегда, если у вас есть права доступа к файлам, требующие повышенных привилегий, установщик нужно будет запускать от имени администратора.