Когда вы создаете сервис Service Fabric, во время запуска необходимо связаться с системными службами Service Fabric при запуске.Если вы развернете его в IIS, у него нет кластера для общения.
Если вы хотите сделать API гибким для размещения в Service Fabric или IIS, вам необходимо отделить логику хостинга отAPI.
В этом случае вы можете либо создать два разных хоста, либо: в точке входа хоста проверить, работаете ли вы внутри SF, если да, вы запускаете Service Fabric Service, в противном случае вы запускаете самопроверку.версия с хостом или IIS.
В SO довольно много вопросов с такими примерами, которые стоит поискать, чтобы проверить, какой из них соответствует вашим потребностям.