$ids = "1, 3, 5, 7, 9";
$query = "UPDATE tablename SET seen_before = 1 WHERE id IN ($ids)";
Если ваши идентификаторы являются динамическими, и, возможно, они есть, используйте что-то вроде этого, чтобы правильно экранировать их для запроса SQL:
// Assuming $ids it's coming from an untrusted source, like $_GET
$ids = array(1, 3, 5, 7, 9);
$ids = array_map('intval', $ids);
$ids = implode(', ', $ids);
$query = "UPDATE tablename SET seen_before = 1 WHERE id IN ($ids)";