Я большой поклонник разделения приложений, так как преимущества в большинстве случаев перевешивают преимущества. Шар указывает на ряд важных моментов, в основном вращающихся вокруг различных вариантов использования и условий безопасности. Другие большие кикеры для меня:
a) Вы можете перейти к материалам бэк-офиса, пока некоторые детали интерфейса еще обсуждаются. IE - вы не заблокированы маркетингом, который всецело интересуется тем, какой шаблон и цветовую схему использовать.
б) Вы можете выбирать различные технологии в зависимости от приложения. Например, ваш бэк-офис может использовать традиционные веб-формы ASP.NET, потому что вы не заботитесь о SEO и другом поведении в Интернете, а также можете гарантировать, с какими браузерами и пропускной способностью вам придется иметь дело.
Сверхурочные, на самом деле не так уж много дополнительной работы ИМХО. И большинство из этих проблем довольно разрешимы. Например, проблема с изображениями может быть решена путем сохранения изображений в базе данных или создания общего хранилища файлов, на которое могут ссылаться оба приложения.