Это происходит, когда IE по какой-то причине решает, что содержимое не кэшируется - он загружает файл, немедленно удаляет его, а затем пытается открыть только что удаленный файл.
У меня была такая же проблема, когда mod_rewrite добавил заголовок "Vary: Host".
Как вы обнаружили, проверка кеширования содержимого решает проблему.
В нашем случае я просто подавил этот заголовочный заголовок.