Протокол V2 не очень хорошо документирован (протокол V3 для пример ), и это то, что поддерживает NuGet.Server.
Тем не менее, есть неофициальные документы для V2.
Теперь поддержка FindPackagesById может отличаться от реализации к реализации (например, NuGet.org не поддерживает фильтры).Я бы предложил использовать конечную точку пакетов, так как это стандартная коллекция OData, чтобы было проще писать запросы к ней.
Пример
http://localhost/nuget/Packages()?$filter=Id%20eq%20%27nuget.protocol%27%20and%20IsPrerelease%20eq%20true&$select=Id,Version